在计算机宅男阿学遭到混混纠缠时,出手救了他的是隔壁班素昧平生的阿阳。脑子动得快、八面玲珑、做坏事却不懂得踩剎车的阿阳,与有着沟通障碍、计算机知识却非常丰富的阿学,两人就此结下不解之缘,成为互补的最强搭档。毕业后,两人决定白手起家创业,一起赚到能买到世界上任何想要东西的「一兆美元」!为此,他们决定挑战世界级黑客大赛SECCHAM……!
内务大臣大久保利通道出过去担任政府刺客的志志雄真实正在京都密谋造反,并希望剑心协助暗杀志志雄。与斋藤一战后,察觉自己内心深处仍住着不曾改变的疯狂刽子手,剑心也因此再次踏上流浪之路。随着他的离去,舞台也来到京都。