本作主人公冈部伦太郎(宫野真守 配音)是个患有严重中二病的大学生,自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”,在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。2010年7月28日这天,冈部和青梅竹马真由理(花泽香菜 配音)一同去了科学讲义会场,在那里,他们遇见了天才少女牧濑红莉栖(今井麻美 配音)。让人意想不到的事情发生了,冈部在会馆楼道内听到一声惨叫,他闻声而至,发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至,这个举动,让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”,竟然真的可以左右世界的进程,冈部自此成了孤独的观测者。这一切都是命运石之门的选择。
“超进化铁道开发机构”通称“ERDA(ELDA)”,作为对付手段,开发了新干线变形的机器人“辛卡里昂”,为威胁做好了准备。
“能保护什么,可爱的人。…我...…」
中学二年级的大成泰世为了寻找两年前失踪的姐姐的线索,转入进开学园中等部。
就在这时,时隔10年,匿名出现了。偶然发现泰西作为辛卡里昂驾驶员具有很高的适应性值,被迫做出战斗的决定。
匿名者的身份和目的是什么…。斗争结束时看到的真相…。
少年们的决心和成长的故事,现在开始了。